Article 53 du décret relatif à la gestion et au paiement des prestations familiales

Le Gouvernement désigne deux commissaires du Gouvernement, conformément au décret du 12 février 2004 relatif aux commissaires du Gouvernement et aux missions de contrôle des réviseurs au sein des organismes d'intérêt public pour les matières réglées en vertu de l'article 138 de la Constitution. Un des commissaires représente le Ministre ayant le budget dans ses attributions.

Lorsqu'ils exercent le recours visé à l'article 8, § 2, alinéa 1er, du même décret, les commissaires du Gouvernement en informent le Comité de gestion.

Par dérogation à l'article 8bis du même décret, ils assistent aux réunions du Comité de gestion et aux réunions du Conseil de suivi financier.

La fonction de commissaire du Gouvernement au sein de l'Agence est incompatible avec la fonction de commissaire au sein de la Caisse publique.​